公元前110年，父亲的手
元封元年（前110），太史令司马谈病重。当时司马迁奉使巴蜀以南归来，赶到洛阳见父亲最后一面，父亲「执迁手而泣」：自家世代为史官，司马氏在周代失职之后，已历六百来年，「余死，汝必为太史；为太史，无忘吾所欲论著矣」。司马谈想完成的，是一部上接《春秋》的通史。是年武帝封禅泰山，司马谈恰恰病留咸阳，不得与从事，叹一句「是命也夫」——史官家的遗憾，就此压到儿子肩上。三年守丧之后，司马迁继任太史令，着手整理皇家藏书。据载他二十岁就曾壮游南方：「上会稽，探禹穴」，渡淮溯汴，考察楚汉之际的旧事，在薛地听老人讲韩信的故事。这些田野见闻，后来都进了《史记》的列传。
公元前99年，一次辩护
天汉二年（前99），李陵率五千步军出居延，被匈奴八万骑兵围困十余日，箭尽力穷，兵败降敌。汉武帝怒，朝臣一致声讨。只有司马迁说李陵「事亲孝，与士信，素蓄国士之风」，投降或别有苦衷，句句触及武帝心事——李陵出征战败，一半因友军不至，而友军统领是武帝宠妃李夫子的兄弟。司马迁下狱，以「诬上」罪论死，家贫无法赎罪，接受宫刑。他在《报任安书》里承认：「仆以口语遇遭此祸，重为乡党所笑，以污辱先人。」
「人固有一死」说给谁听
太始元年（前96）赦后，他被任为中书令，皇帝身边的机要职务，士大夫却视同腐刑余人的耻辱。他自述出刑之后的状态「居则忽忽若有所亡，出则不知其所往」，又言「每念斯耻，汗未尝不发背沾衣」——屈辱并不随年月过去。他给老友任安写那封长信，第一次和盘托出隐忍的理由：「人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛」，而他要完成「究天人之际，通古今之变，成一家之言」的著作。他还援引一串名字：西伯拘羑里演《周易》，孔子厄陈蔡作《春秋》，屈原放逐赋《离骚》，左丘失明厥有《国语》——受刑之人把自己排进了这份名单。
一部书的重量
《史记》凡一百三十篇：十二本纪、十表、八书、三十世家、七十列传，约五十二万六千五百字（书末自记），上起黄帝，下至武帝末年。据载约在征和年间（前92—前89）成书，书名当时称《太史公书》，「藏之名山，副在京师」。司马迁的生卒年均成谜，其生年即有前145年与前135年两说，卒年更不见于史，通行说法在前86年前后。他死了几十年后，外孙杨恽在宣帝时期「祖述其书，遂宣布焉」，这部以屈辱换来的书才进入世间。晋人王隐称许他「不虚美，不隐恶」，算是身后百年得到的一句公道。
功业与名声
司马迁恨过吗？信里有。可他没有把私愤写进史书，而是发明了一种写法：本纪按年月、世家按封国、列传按人物，把三千年打散重装，连项羽、吕后都给了入本纪的规格。宫刑摧毁了他的仕途与身体，却没有替他决定笔下的高低——这是他留给后世最难做到的一条：受辱者写历史，仍然可以不写控诉。